Tak sekadar mendorong prestasi akademik, MAN 2 Kota Madiun juga memperkuat spiritual dan akhlak peserta didiknya. Tepatnya melalui berbagai program pembinaan keagamaan yang terintegrasi. Misalnya, program unggulan berupa Pondok Pesantren Darul Rohmah. "Pesantren ini menjadi wadah bagi peserta didik yang ingin memperdalam ilmu agama secara lebih intensif melalui sistem pembinaan berbasis asrama". “Madrasah juga membentuk generasi yang berakhlak, memiliki kedalaman spiritual, serta mampu mengamalkan nilai-nilai keislaman dalam kehidupan sehari-hari”. “Melalui kelas tersebut, siswa mendapatkan pembinaan hafalan Alquran secara terstruktur tanpa harus tinggal di pesantren”. “Setiap Ramadan juga digelar program Pondok Ramadan yang diisi kajian keislaman, tadarus, serta pembinaan karakter bagi peserta didik”. “Jika guru dan tenaga kependidikan memiliki kualitas keagamaan yang baik, maka mereka dapat menjadi teladan bagi peserta didik. Inilah yang ingin kami bangun di MAN 2 Kota Madiun, yakni lingkungan madrasah yang religius dan berkarakter”.