Pelaksanaan Tes Kemampuan Akademik (TKA) susulan atau ulang bagi siswa SMP yang hendak masuk ke jenjang SMA/SMK negeri memicu polemik. Bahkan, anggota DPRD Kota Madiun mengendus adanya kejanggalan sistemik yang dinilai merugikan para siswa, mulai dari ketidaksinkronan nilai hingga transparansi hasil ujian. Sengkarut ini bermula ketika sistem TKA awal mengalami kendala teknis, imbasnya pusat memberikan kesempatan TKA susulan. Di Kota Madiun, tercatat ada 194 siswa dari SMPN 1 hingga SMPN 14 yang diusulkan mengikuti ujian susulan tersebut. "Setelah digunakan mendaftar di tahap pertama, sertifikat resmi TKA baru keluar. Ternyata, ada 47 siswa dari 194 peserta susulan yang nilainya tidak sama antara yang dipakai daftar PIN dengan yang hasil baru”. "Contohnya ada siswa yang targetnya masuk SMAN 1, tapi karena pakai nilai lama, dia terlempar dan diterima di SMAN 5. Padahal kalau pakai nilai baru yang lebih tinggi, dia seharusnya bisa lolos di SMAN 1. Karena sistem sudah mengunci, nilainya tidak bisa dicabut atau diperbarui. Ini jelas merugikan”. "Dengan kuota yang hanya
separuh dari jumlah lulusan, kompetisi tentu sangat ketat. Adanya TKA susulan yang carut-marut ini tidak hanya merugikan peserta susulan yang nilainya terkunci, tetapi secara tidak langsung juga memengaruhi posisi siswa lain yang tidak ikut ujian susulan karena adanya pergeseran peringkat nilai”.